Bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit führt es zu ähnlichen Immunantworten wie vergleichsweise bei einer Überempfindlichkeit. Diese kann sich exemplarischerweise in Brennreiz, Pickeln, Blähungen, Verdauungsstörungen, Diarrhoe, Husten oder Migräne äußern. Der wichtigste Kontrast innerhalb Überempfindlichkeit und Nahrungsmittelunverträglichkeit (z.b. Glutenallergie) entsteht in den physischen Vorgängen. Während bei einer Überempfindlichkeit der Immunmechanismus verteidigend gegen den Wirksubstanz eines Lebensmittels betätigt und Antikörper bildet, führt es bei einer Unbekömmlichkeit nicht zum einschreiten der Immunantwort. Der gezielte Verlauf bei einer Nahrungsüberempfindlichkeit ist jedoch weiterhin unbekannt. In Situationen von Unverträglichkeit Gluten fehlen dem Organ bestimmte Enzyme, woraufhin die Digestion isolierter Nahrungsstoffe unmöglich gemacht wird.

Die schlimmsten Fälle von Nahrungsüberempfindlichkeit sind Laktoseintoleranz und Glutenunverträglichkeit, da die Patienten in der Regel ihre kompletten Ernährungsgewohnheiten eingrenzen müssen.
Der Stoff Laktase ist für die Digestion der Milch bzw. die Spaltung des Milchzuckers zuständig. Fehlt dem Organ dieses Enzym, so kann der Milchzucker nicht gespalten werden und erschafft im Zwölffingerdarm eine fabelhafte Lagerstätte für Keime. Diese Mikroorganismusansiedlung führt dann zu Schmerzen im Bauchraum, Diarrhoe und Blähungen. Um zu kontrollieren, ob es sich hierbei ernsthaft um eine Überempfindlichkeit handelt, bei der die Symptome sich gleichen, wird ein RAST-Test durchgeführt. Betroffene einer Laktoseintoleranz können auf laktosefreie Milch beziehen oder spezifische Substanzen zu sich nehmen.

Gluten ist ein Stoff, der vor allem in Weizen und Gerste enthalten ist. Folglich ist die Erkrankung auch als Weizenallergie namhaft. In demselben Maße geläufig sind die Namen Zöliakie und Sprue. Bei einer %Unverträglichkeit von Gluten wird die Schleimhautwand des Darms angegriffen. Dies führt zur Rückentwicklung der Darmzotten, die für die Resorption von Nährstoffen zuständig sind. Folglich sind kennzeichnende Anzeichen Abgeschlagenheit und Übelkeit.