Bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit führt es zu übereinstimmenden körperlichen Reaktionen wie bei einer Allergie. Diese kann sich beispielsweise in Juckreiz, Pickeln, Blähungen, Magenbeschwerden, Durchfall, Husten oder Kopfschmerzen äußern. Der wichtigste Kontrast innerhalb Allergie und Nahrungsmittelunverträglichkeit (z.b. Glutenallergie) entsteht in den physikalischen Vorgängen. Während bei einer Allergie das Immunzentrum verteidigend gegen den Stoff eines Nahrungsbestandteils wirkt und differenzierte Antikörper bildet, führt es bei einer Unverträglichkeit nicht zum einschreiten des Abwehrmechanismus. Der eindeutige Verlauf bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist bisher noch immer nicht erforscht. In Fällen von Unverträglichkeit Gluten fehlen dem Gewebe einige Abwehrenzyme, wodurch die Verdauung isolierter Essenbestandteile unmöglich verarbeitet wird.

Die schlimmsten Fälle von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Laktoseintoleranz und Glutenunverträglichkeit, da die Betroffenen in den meisten Fällen ihre kompletten Ernährungseigenheiten umstellen müssen.
Die Substanz Laktase ist für die Verdauung der Milch bzw. die Aufspaltung des Milchzuckers ausschlaggebend. Fehlt dem Gewebe dieses Enzym, so kann der Milchzucker nicht verdaut werden und erschafft im Dickdarm eine perfekte Lagerstätte für Parasiten. Diese Mikroorganismusansiedlung führt dann zu Schmerzen im Bauchraum, Durchfall und Blähungen. Um zu herauszufinden, ob es sich hierbei ernsthaft um eine Allergie handelt, bei der die Symptome sich gleichen, wird ein spezieller Test durchgeführt. Betroffene einer Laktoseintoleranz können auf laktosefreie Milch zurückgreifen oder besondere Wirkstoffe schlucken.

Gluten ist ein Wirkstoff, der vor allem in Weizen und Roggen vorkommt. Folglich ist die Erkrankung auch als Weizenallergie geläufig. In gleicherweise geläufig sind die Fachbezeichnungen Zöliakie und Sprue. Im Verlauf einer %Unverträglichkeit von Gluten wird die Schleimhaut des Dünndarms beschädigt. Daraufhin führt dies zur Rückbildung der Darmplicae, die für die Aufnahme von Nahrungsbestandteilen ausschlaggebend sind. Folglich sind kennzeichnende Symptome Schläfrigkeit und Erbrechen.